به نقل از پژوهشکده گیاهان دارویی، یکی از موانع استفاده از گیاهان دارویی تداخلاتی که ممکن است بین مواد موثره گیاهان دارویی و داروهای مورد استفاده بیماران بوجود آید. 
مصرف سیر، زنجبیل، چای سبز و جینکو در افرادی که مصرف وارفارین دارند باید با احتیاط صورت گیرد .
مصرف گیاه آلو‌ورا با داروی دیگوکسین در مبتلایان به بیماری قلبی باعث کاهش اثر درمانی دارو می شود.
همچنین تحقیقات نشان می‌دهد آنزیم‌های موجود در آب گریپ فروت، مانع جذب برخی از داروها مانند استاتین شده و اثر درمانی این داروها را از بین می‌برد.